Oameni de știință din NVIDIA iar Harvard a făcut o descoperire uriașă în cercetarea genetică. Ei au dezvoltat un set de instrumente de învățare profundă care pot reduce semnificativ timpul și costurile necesare pentru a rula experimente individuale și cu o singură celulă. Potrivit unui studiu publicat în Natura Comunicaţii, setul de instrumente AtacWorks poate efectua inferențe la nivelul genomului, un proces care ar dura în mod normal puțin peste două zile, în doar o jumătate de oră. Acest lucru este posibil datorită procesoarelor grafice NVIDIA Miez tensor.
AtacWorks funcționează cu ATAC-seq, o metodă bine stabilită, concepută pentru a găsi regiuni deschise în genomul celulelor sănătoase și bolnave. Aceste „regiuni deschise” sunt părți ale ADN-ului uman care sunt utilizate pentru a determina și activa anumite funcții (de exemplu, ficatul, sângele sau celulele pielii). Este o parte a genomului unei persoane care poate oferi oamenilor de știință indicii despre dacă o persoană are boala Alzheimer, boli de inimă sau cancer.
ATAC-sec necesită de obicei analiza a zeci de mii de celule, dar AtacWorks poate obține aceleași rezultate folosind doar zeci de celule. Cercetătorii au aplicat, de asemenea, AtacWorks la un set de date de celule stem care produc celule roșii și albe din sânge - subtipuri care de obicei nu pot fi studiate folosind metode tradiționale. Dar, cu ajutorul AtacWorks, au reușit să identifice părți individuale ale ADN-ului asociate cu leucocite și, respectiv, eritrocite.
Interesant de asemenea:
Capacitatea de a analiza genomul mai rapid și mai ieftin este de mare importanță pentru identificarea mutațiilor specifice sau a biomarkerilor care pot duce la anumite boli. Poate chiar ajuta la descoperirea medicamentelor, ajutând cercetătorii să descopere cum funcționează boala.
„Cu tipuri de celule foarte rare, este imposibil să se studieze diferențele dintre ADN-ul lor folosind metodele existente”, a spus cercetătorul. NVIDIA și autorul principal al lucrării, Avantika Lal. „AtacWorks poate ajuta nu numai la reducerea costului colectării datelor de accesibilitate a cromatinei, ci și la deschiderea de noi oportunități în descoperirea și diagnosticarea medicamentelor”.
Citeste si:
Lasă un comentariu